پس از مرگ محمدشاه در ۱۴ شهریور ۱۲۲۷، امیرکبیر، که حدود سی سال بزرگتر از شاه جوان بود، با تدارک شش لشکر پیاده و سواره و توپخانه شاه را با قدرت بر تخت نشانید. در این زمان میرزا تقی خان به مقام امیر نظام ارتقا یافت که به معنای فرماندهی کل قوای نظامی کشور بود. ناصرالدین شاه فردای ورود به پایتخت تاجگذاری کرد و در همان شب امیرنظام را به سمت شخص اول مملکت و صاحب منصب صدارت منصوب نمود. در تمام طول سلطنت قاجار سابقه نداشته است که تمامی امور دیوانی و نظامی به یک نفر سپرده شود. پس از امیرکبیر شاه خود فرماندهی کل قوای نظامی را برعهده گرفت و پس از آقاخان نوری هم با به وجود آمدن چند وزارت‌خانه جهت اداره امور کشور، مقام صدر اعظمی بر انداخته شد.[۳۲]
عزل از مقام صدارت
حضور امیرکبیر در دربار ناصرالدین‌شاه همواره مورد مخالفت تعدادی از نزدیکان شاه از جمله مهد علیا مادر شاه، اعتمادالدوله و میرزا آقاخان نوری قرار داشت؛ چنان که تلاش‌های این عده سرانجام منجر به صدور حکم عزل امیرکبیر از مقام خود گردید. برخی از درباریان که او را مخالف منافع خود می‌دیدند، تهمت زدند که امیرکبیر داعیه سلطنت دارد.
در روز ۲۰ آبان ۱۲۳۰ (دو ماه قبل از روز قتل امیرکبیر) ناصرالدین شاه با ارسال این دستخط، او را از صدارت عزل کرد.
چون صدارت عظمی و وزارت کبری زحمت زیاد دارد و تحمل این مشقت برای شما دشوار است شما را از آن کار معاف کردیم، باید به کمال اطمینان مشغول امارت نظام باشید.[۳۳]
پس از عزل از صدارت
ناصرالدین شاه، بعد از عزل امیرکبیر در محذور عاطفی قرار گرفت. او در روز ۲۴ آبان نامه‌ای به امیرکبیر نوشت و در آن تاکید کرد که خودش تنها قصد دارد برای مدتی عهده‌دار امور کشوری شود و هرگز در امور لشکری قصد دخالت ندارد و نیز حتی یک شاهی بیش آنچه امیرکبیر مقرر داشته به مواجب کسی نخواهد افزود. ابن نامه با این جملات آغاز می‌شود:
جناب امیرنظام به خدا قسم آنچه می‌نویسم عین واقعیت است. شما را قلباً دوست دارم و خداوند مرا مرگ دهد اگر بخواهم تا زنده‌ام دست از شما بردارم....[۳۴]
امیرکبیر پس از دریافت این نامه از شاه درخواست ملاقات کرد تا شاید تصمیم او را تغییر دهد. او همچنین اطرافیان را به بدگویی از خودش متهم نمود. اما شاه ملاقات را به فردای آن روز (که روز انتصاب نوری بود) موکول کرد. شاه به امیرکبیر نوشت:
خدا شاهد است امروز که شما را نپذیرفته‌ام، شرمنده‌ام. چه می‌توانم بکنم. ای کاش هرگز شاه نبودم. حالا که این را می‌نویسم اشکم جاری است. اگر باور نمی‌کنید بی‌انصاف‌اید.... کدام مادر قبحه‌ای می‌تواند در حضور من از شما بد بگوید. هر کس در حصور من از شما بد بگوید، حرامزاده‌ام اگر نگذارمش جلوی توپ.... به علامت التفات‌مان یک شمشیر الماس نشان قیمتی و همچنین حمایلی که به گردن خودم می‌اندازم را برایتان می‌فرستم. انشاالله آنها را می‌پذیرید و فردا به حضور می‌آیید.
امیرکبیر دل آزرده از حکم عزلش که حالا دیگر حتمی شده بود یا به این خاطر که احساسات ناصرالدین شاه را صادقانه نمی‌دانست، مرتکب خطای بزرگی شد و در مراسم سلام شاهانه شرکت نکرد.[۳۵] این امر موجب فوران احساسات شاه و نیز تحریک سوظن او شد. پس از آن از امیرکبیر خواسته شد التزام‌نامه‌ای را امضا کند که شامل دوازده بند بود از جمله اینکه به مقام امیرنظامی کمال شکرگزاری را داشته باشد و فرمان پادشاه را همانند وحی منزل بپذیرد.[۳۶]
پس از آن نوری شروع به عزل و نصب‌هایی نمود که غالباً از طریق رشوه و تبعیض انجام می‌گرفتند. او در نامه‌ای به شاه نوشت:
... مردم بی سر و پا را با رشوه می‌خواهند صاحب منصب کنند. این غلام نمی‌تواند نظم دهد. بی نظم کارها پیش نمی‌رود. فرمان دیروز باید باطل شود وگرنه همه مردم به خیالات خواهند افتاد. این درد غلام را می‌کشد که مردم بگویند آن نظم میرزا تقی خانی گذشت.
یک روز پس از برکناری امیر از صدارت میرزا آقاخان نوری که می دانست با وجود امیر در تهران و سمت امیر نظامی او برخورد بین او و امیر حتمی است دستخطی نوشت و در آن از امیر التزام گرفت که در کارهای مربوط به وزارت و عزل نصبهای وی هیچ دخالتی نداشته باشد. این دستخط به تایید شاه و امضای امیر رسید.سه روز پس از واقعه امیر طی نامه ای که به شاه می نویسد و وضعیت امور لشکری را گزارش می دهد از شروع انتصابات افراد بی سرو پا با رشوه به شاه گله می کند.[۳۷]
میرزا آقاخان و مهد علیا که با بودن امیر در تهران کارشان استوار نمی شد و همواره احتمال انتصاب مجدد وی توسط شاه وجود داشت با همکاری و مشاوره با شیل وزیر مختار انگلیس امیر کبیر و شاه را راضی کردند که امیر به حکومت کاشان منصوب شود. در این هنگام پرنس دالگوروکی وزیر مختار روسیه که از به قدرت رسیدن میرزا آقاخان هوادار انگلیس نگران شده بود و نیز به دلیل خوی شتابگر و تندی که داشت با عده از افراد سفارت به خانه امیر رفت و به او پیشنهاد کرد تحت‌الحمایه روسیه شود.امیر نپذیرفت اما همن ملاقات بهانه ای به دست مخالفان امیر داد تا شاه را از وی خشمگین و ترسان کنند.وزیر مختار روسیه خانه امیر را ترک کرد و خانه به محاصره سربازان در آمد. امیر تعهد نامه ای به شاه نوشت که به هیچیک از دو سفارت روس و انگلیس پناهنده نخواهد شد. روز بعد شاه که به شدت از این واقعه ترسیده بود امیر را از کلیه مناصب (امیر نظامی و حکومت کاشان ) عزل کرد. دو هفته بعد نیز برای محو کردن خاطره امیر شاه دستور داد سمت امیر نظامی کلاً از سمتهای دولتی حذف شود.یک یا دو روز بعد امیر تحت‌الحفظ و همراه با مادر و همسر و فرزندانش راهی فین کاشان شد.[۳۸]
پیشنهاد حکمرانی ولایات
پس از دریافت این پاسخ طوفانی، امیرکبیر دانست که رابطه او با شاه وارد مرحله دیگری شده است. نوری و درباریان نیز اصرار داشتند که او باید از مقام امیرنظامی کنار گذاشته و به حکمرانی یکی از ولایات منصوب شود.
اول حکومت فارس، بعد اصفهان و سپس قم به امیرکبیر پیشنهاد شد ولی نپذیرفت. او احساس می‌کرد که اگر از تهران برود جانش در خطر خواهد بود و با توجه به خشم شاه امکان هر اتفاقی وجود دارد. در این زمان وزیر مختار انگلستان حاضر به میانجیگری شد به گونه‌ای که طرفین توافق کردند اگر امیرکبیر به حکمرانی کاشان برود، جان و مالش محفوظ و تحت حمایت بریتانیا خواهد بود و بدون مزاحمت حکمرانی خواهد کرد.[۳۹]
دخالت وزیر مختار روسیه
وزیر مختار روسیه وقتی فهمید که امیرکبیر در حال پذیرش میانجیگری بریتانیاست به او پیشنهاد تحت‌الحمایگی بدون قید و شرط امپراتور روسیه را داد. پس از این پیشنهاد بود که امیرکبیر اعلام کرد که حرف شاه را نپذیرفته و به کاشان نخواهد رفت. در اینجا سفارت بریتانیا از قضیه کنار رفت و در مقابل روسیه خانه امیرکبیر که اتفاقا مجاور سفارت بود را جز سفارت اعلام کرد و قزاقان روسی خانه امیرکبیر را که در آن زمان خواهر شاه (همسر امیرکبیر) و نیز مادر شاه در آن حضور داشتند را به محاصره گرفتند.
این وضع نه تنها از نظر سیاسی بلکه از نظر غیرت و صیانت حریم خصوصی اندرون شاهی، خون ناصرالدین شاه را به جوش آورد. نوری حتی ادعا کرد که این امر می‌رفت که به بلوایی عظیم با دخالت مردم تهران مبدل شود. شاه تصمیم گرفت که خود شخصاً با ملازمانش به منزل امیر برود و گردن او را بزند. در این موقعیت وزیر مختار روسیه از موضع خود عقب نشینی کرد و قزاقان منزل امیرکبیر را ترک کردند. سه ساعت بعد از غروب آفتاب امیرکبیر دستگیر و از درون خانه‌اش بیرون برده شد.[۴۰]
خلع از تمام مناصب و تبعید
روز ۳۰ آبان، فردای دستگیری، امیرکبیر از تمامی مناصب خلع شد و دو روز بعد به عنوان یک زندانی به کاشان فرستاده شد. این تبعید ۴۰ روز به طول انجامید. به نگهبانان دستور داده شده بود که با کمال احترام با او رفتار کنند. با این حال همسر وزیر مختار انگلیس که خارج از شهر با کاروان حامل امیر برخورد داشته می‌نویسد که سرنوشت او را به راحتی می‌شد حدس زد.[۴۱] با این وجود، مخالفان امیرکبیر در دربار احتمال می‌دادند که امیرکبیر بار دیگر مورد عنایت شاه قرار گیرد و به قدرت بازگردد.
قتل
چاکر آستان ملائک پاسبان، فدوی خاص دولت ابد مدت، حاج علی خان پیشخدمت خاصه، فراشباشی دربار سپهر اقتدار مأمور است که به فین کاشان رفته، میرزا تقی خان فراهانی را راحت نماید. و در انجام این مأموریت بین الاقران مفتخر و به مراحم خسروانی مستظهر بوده باشد.
مقتل امیرکبیر در حمام فین کاشان
صبح آنروز خبر آوردند که پیکی از تهران خواهد رسید که فرمان وزارت امیر و خلعتی شاه را می‌آورد. عزت الدوله البته باز هم نگران بود و خبر را باور نداشت. امیر اما به حمام رفت. شاید خبر رسیدن خلعت را باور کرده بود. حاج علی خان فراش که به باغ فین رسید چاپار دولتی را در کنار در حمام دید که منتظر امیر بود که از حمام خارج شود و پاسخ نامه‌ای را از وی بگیرد. علی خان فراش دست وی را گرفت و با خود به حمام برد که وی زن امیر را از آمدنش مطلع نکند. مامورانش در دیگر حمام را مسدود کردند. امیر با حق نعمتی که بر علی خان داشت پرسید شما چرا مامور اینکار شدید. امیر خواست عزت الدوله را ملاقات کند و نزد وی وصیت کند اما علی خان نپذیرفت.[۴۲]
سرانجام امیرکبیر در روز ۲۰ دی۱۲۳۰ در حمام فین کاشان به قتل رسید. رگ‌های دست و پاهایش را گشودند و پس از مدتی خون‌ریزی علی خان فراش به میر غضب اشاره‌ای کرد. میرغضب با چکمه به میان دو کتف امیر کوبید. چون امیر به زمین در غلطید دستمالی در گلویش کرد تا جان داد. فراش به سرعت برخاست و گفت دیگر کاری نداریم. وی و همراهانش با اسبان تند رو به تهران بازگشتند.
سال مرگ او، ۱۲۶۸، را به حساب ابجد در یک گفتگو بیان کرده‌اند. اولی می‌پرسد: «کو امیر نظام» و دومی جواب می‌دهد «مردی بزرگ تمام شد»
دفن
کالبد امیر را ابتدا در همان کاشان دفن کردند. به روایت میرزا محمد جعفر خان حقایق نگار خورموجی در کتاب مشهور حقایق‌الخبار ناصری روز بعد از قتل جسدش را در گورستان «پشت مشهد» کاشان به خاک سپردند. چند ماه بعد، به اصرار همسرش عزت‌الدوله کالبدش را به کربلا منتقل کردند و در اتاقی که درب آن به سوی صحن امام حسین باز می‌شد به خاک سپردند.[۴۳]
بر دیوار آرامگاه وی در کاشان این ابیات نوشته شده‌اند:
<نادانی شه گرفت دامان امیر><تا نیشتر آمد به رگ جان امیر>
بگشودچو جوی خون ز شریان ام<بربست سعادت را بروی ما در>
نظر شما